以上分析是从大学内部而言，同时从大学所面临的外部环境来分析，由于高等教育即大学教育价值的多样性特点日益突出，使“多元化的高等教育价值取向是矛盾冲突的，这体现在内在价值与外在价值、公平价值与效益价值、当前价值与长远价值的根本冲突的多个维度……最后凝聚为国家、学校、个人三类主要高等教育主体之间的冲突”。这也是大学面临的另一类矛盾。
2.文化冲突与不和谐
今天大学里的文化冲突与不和谐表明的是大学里的精英文化与不同文化的冲突。其中既有大学亚文化与社会主流文化的冲突，也有大学内部精英文化与大众文化的冲突，还有大学内部制度文化与理念文化的冲突。对所有不和谐与冲突的评判其实都与评价标准有关，而评价标准应该是在对大学本质认识的基础上形成的。而事实上，直到今天，关于大学本质的讨论还是一个有争议的话题，但我们对大学的一些基本特征还是有很高的共识。同样需要指出的是，我们已经形成的具有较高共识的大学特征，在时空上已经有了非常大的变化。
无论是一个社会还是一个组织，其和谐都是通过一定的理念和制度保障来实现的。就和谐社会来说，它是通过以公平、平等、可持续发展为理念，以及一系列国家法律和政策指导下的各种社会制度来保障的；拿一个社会组织——大学来说，它是通过以学术自由、大学自治、大学批判等为理念，以及董事会、学术委员会、学分制等一系列制度来保障的。就大学和谐来说，它涉及大学理念和大学制度。从文化的角度来看，历史形成的大学理念和制度是文化，这就涉及大学的理念文化与制度文化。在这两对范畴中，在今天确实存在着多种不和谐的现象。例如：经典大学理念与现代大学理念；经典大学理念与现代大学制度；传统大学制度与现代大学制度。因此，对于实现大学的和谐，只能从大学理念和制度——即大学的理念文化和制度文化的构建中去寻找。如果有一方不平衡，那么大学就避免不了不和谐。在这个意义上说，大学理念和大学制度的同步构建对大学和谐不可或缺。