佛教传入中国后，作为一种外来宗教，与中国本土的儒、道两家之间常发生矛盾，甚至引发出激烈的佛道之争。慧远认为，佛、儒、道三家虽出处各异，但终期则同，三教其实一致。圣人、帝王卿相、国师、道士等，都只是后天的现象，追其本源，则他们原本都是诸佛的化身。是诸佛如来为了化度众生而示以不同的形象，一旦他们完成了化度的任务后，便仍然会返本还源，回归佛位。所以，释迦与孔、老，归致相同，佛、儒、道三家，殊途同归。
慧远的佛教理论中还包括净土思想、般若思想、禅法思想等。在中国佛教史上，慧远的佛教实践活动、佛学理论、哲学思想，都占有重要地位。他援引玄学本无说比附佛学之空无说；将重本轻末的玄学本体论与佛教的因果报应、轮回学说相结合。他将因缘、轮回、三生、业报等巧妙地拼凑在一起，形成更为彻底的因果报应说。他首倡净土思想，被后世推为莲宗初祖。加上慧远与当时朝廷的密切关系，使他的影响更大。如果从哲学史的角度来看，慧远佛教哲学的最大特点便是佛学为主，辅以儒学和玄学，而这也正是佛教在中国化过程中的巨大变化。因此，慧远的佛教哲学理论又是佛教中国化的一个重要标志，表明佛教唯心主义发展到了一个新的阶段。